位于唯亭镇陵南村阳澄湖南岸。该遗址为1956年江苏省文物管理委员会在文物普查中所发现。因当地砖瓦厂取土时发现了玉琮、玉璧等文物，南京博物院于1972年9月进行了探掘。经钻探初步查明，地下古文化遗址东西长260米，南北宽170米，总面积4．4万平方米，相当于草鞋山、夷陵山两个土墩面积的3倍。随后进行了两次正式发掘。第一次自1972年10月至次年1月，第二次自1973年4月至7月，参加发掘的还有苏州博物馆和南京大学等，总共发掘面积1050平方米。

　　通过两次发掘，发现了以几何印纹陶为特征的文化和各个不同时期的原始文化依次叠压的地层关系，清理了新石器时代的居住遗迹、11个灰坑（窖穴）和206座墓葬，出土了陶、石、骨、玉等质料的生产工具、生活用具、装饰品等共1100多件。其中包括玉琮、玉璧 、镂孔壶、四足兽形器等珍贵文物。由于文化层次多，出土遗迹、遗物丰富，从而为研究太湖流域古代文化提供了重要实物资料。

　　遗址的文化堆积最厚处达11米，可分为10个地层。从地层叠压关系可以看出文化层的先后次序是：马家浜文化，崧泽文化，早期良渚文化，典型良渚文化，直到进入春秋时代的吴越文化。这一序列，为研究长江下游、太湖流域的古代文化提供了标尺，具有典型意义。

　　遗址中发现的6000年前的水构建筑遗迹、炭化粳籼稻谷、炭化纺织品残片以及各文化层出土的制作精美的玉器、陶器等，说明太湖流域的先民，早在6000年前就创造了当时比较先进的文化，成为我国丰富多彩的远古文化的重要组成部分。

　　遗址的发掘，还首次从地层上证明了琮、璧、 串饰等玉制品是良渚文化的遗物，也为我国玉器研究开创了一个全新的局面。

　　草鞋山遗址的一部分至今保存尚好，是太湖流域的一处具有代表性的新石器时代重要古文化遗址。