大昭寺是汉语称谓。大，是与
小昭寺相对应而言；昭，是藏语“觉卧”的音译，意思是佛。大昭寺建造时曾以山羊驮土，因而最初的佛殿曾被命名为“羊土神变寺”。现在大昭寺的藏语名称为“祖拉康”，就是佛殿的意思。说佛殿而不用特指，可见其在藏人心中有多么崇高的地位。
藏族有“先有大昭寺，后有
拉萨城”之说。传说尼泊尔赤尊公主、唐朝文成公主各自带来了一尊珍贵的释迦牟尼佛像作为嫁给藏王松赞干布最贵重的嫁妆。赤尊公主带来的是释迦牟尼八岁时的等身像；文成公主带来的是释迦牟尼十二岁时的等身像。藏人公认这两尊佛像是最早进入雪域高原的佛像，为了供养这么神圣的佛像，松赞干布就开始修建
西藏佛教历史上最早的佛教建筑物，便是大昭寺和小昭寺了。
传说大昭寺寺址最早是一片湖，松赞干布曾在此湖边向赤尊公主许诺，随戒指所落之处修建佛殿，孰料戒指恰好落入湖内，湖面顿时遍布光网，光网之中显现出一座九级
白塔，于是建寺的浩荡工程开始了。另一传说大昭寺选址时赤尊公主询问文成公主的意见，文成公主说拉萨的地形就像一个仰卧的罗刹女，这个魔女头朝东，腿朝西，仰卧臂，中心的湖泊是罗刹女的心脏，湖水乃其血液，所以必须填湖建寺，把魔女的心脏给镇住。
公元647年(唐贞观二十一年)，大昭寺开始兴建。不论哪一种传说，建寺首先要填湖。当时主要的运输工具是依靠山羊背着装着沙和土的袋子，这样来把这个湖泊给填平了，给大昭寺奠定了基础。所以拉萨古称RASA(汉语音译为逻些)，RA是山羊，SA是土地，意思是山羊建的地方。后来因为修建了这样神圣的佛殿，里面供奉了佛祖的像，有佛经、佛塔，还有四面八方的信徒来这里朝圣，大家都认为这个地方是佛地，所以才改称LASA(汉语音译为拉萨)，LA是佛，SA是地，拉萨的意思就是佛地。这一称呼的由来，也解析了“先有大昭寺，后有拉萨城”之说反映的是拉萨称呼的变化。(实质雅砻部落在松赞干布统一西藏后，中心已由雅砻地区『
山南一带』转移到拉萨，只是称呼上可能还不是叫RASA或LASA)。
不过后来的拉萨城确实是以大昭寺为中心兴旺起来的，环大昭寺内中心的释迦牟尼佛殿一圈称为“囊廓”，环大昭寺外墙一圈称为“八廓”，街道名称就叫“
八廓街”(即八角街)，以大昭寺为中心，将布达拉宫、药王山、小昭寺包括进来的一大圈称为“林廓”。这从内到外的三个环型，便是藏人行转经仪式的路线。所以在拉萨，藏人也喜欢将以大昭寺为主的八廓街一带特指为“拉萨”(藏语拉萨就是佛地的意思，所以也可能是特指这一带是神圣的佛地的意思)。
大昭寺的布局方位与汉地佛教的寺院不同，其主殿是坐东面西的，以寄托赤尊公主对家乡父母的思念(或佛地源头在西，或西方极乐世界？)。主殿高四层，两侧列有配殿，布局结构上再现了佛教中曼陀罗(坛城)的宇宙理想模式。寺院内的佛殿主要有释迦牟尼殿、宗喀巴大师殿、松赞干布殿、班旦拉姆殿(格鲁派的护法神)、神羊热姆杰姆殿、藏王殿等等。大昭寺主殿整个建筑是金顶、斗拱为典型的汉式风格，碉楼、雕梁则是西藏样式，主殿二、三层檐下排列成行的木雕伏兽和人面狮身，又呈现尼泊尔和印度的风格特点。大昭寺门前广场上有“公主柳”(相传是文成公主所栽，文革时毁于大火)、唐蕃会盟碑(立碑时间是公元823年，已是文成公主、金城公主之后很多年了)、种痘碑(纪念清朝乾隆年间向西藏传授种痘方法以防治天花所立)。
特别一提的是，现在大昭寺内供奉的是文成公主从唐朝带去的释迦牟尼12岁等身像，而赤尊公主从尼泊尔带去的释迦牟尼8岁等身像被转供奉在小昭寺。这一过程有几个版本：一是松赞干布逝世后，遵照文成公主的旨意，大昭寺和小昭寺释迦牟尼等身佛像进行了对换。 (此说法据五世达赖喇嘛所著的《大昭寺目录》等书记载，未查)，二是后来的藏王听闻唐朝将出兵吐蕃为避战祸而对换主供奉佛像。(据按是武则天时期，记载在西藏的史书中，未查)三是后来进藏的另一位唐朝公主金城公主对换的主供奉佛像。(恰白·次旦平措的《大昭寺史事述略》，未查)原因都是后来唐朝对吐蕃的影响力大大超过了尼泊尔，吐蕃的当政把它们的供奉对换了。
另外再值得一说的是，据说释迦牟尼在世时反对偶像崇拜，但其将近圆寂时弟子询问能否留下真容以供后世纪念，释迦牟尼遂容工匠留下8岁、12岁、25岁的等身像，并亲自为这三尊佛像开光、装藏(也就是往佛像肚子里装入珍宝及佛经，没有开光装藏的在佛教只叫艺术品，不叫佛像)，同时说，见到这三尊佛像如见本人。其中25岁的等身像在一次海运中沉没，8岁等身像在文革中被破坏(据说在文革时，小将们把它拿出来，用锯子从肚子上锯开，成了两半，里面的珍宝和佛经就此消失，而佛像流失各地，直到后来班禅到内地四处寻访，最后在天津一个仓库中寻得上半身，在西藏某仓库中寻得下半身，请最好的工匠加以修补，再供在小昭寺中。此消息未证)，现供奉在大昭寺的12岁等身像是释迦牟尼最后一具完整的等身像。
自1409年，格鲁教派创始人宗喀巴大师为歌颂释迦牟尼的功德，召集藏传佛教各派僧众，在寺院举行了传昭大法会，大昭寺每年的大法会都是格鲁派最重要的宗教活动。五世达赖喇嘛建立格鲁派的“甘丹颇章”政权后，“噶厦”(政府的行政机构)便设于寺内，主要集中在庭院上方的两层楼周围。达赖、班禅等大活佛转世的“金瓶掣签”仪式也历来在大昭寺进行。
