八十年代以来，中国科学院、国家环保局、地矿部、地质博物馆及科研机构、大专院校等许多单位的专家学者相继到马山进行地质考察，对本区独特的地质结构、火山地貌景观和古生物化石给予高度评价。这些地质现象和动植物化石集中在这样一个很小的范围内实属罕见，堪称天然的“袖珍地质博物馆”。它能在中国东部沿海经济发达、人口密集的地带得以保存下来，确为难能可贵。为此，由山东省人民政府申报，经国务院一九九四年四月批准列为国家级自然保护区(属自然遗迹类)。
本区内最具保护价值的自然遗迹首推构成马山主体的粗面英安岩的石柱群。马山已揭露的团山和长岭两座低山全部由粗面英安岩柱状节理分割成的巨大石柱群组成，柱体直径一般在1.0—1.5m之间，柱体长25m(地表以下延深可达60m)，形态以四边形为主，也有五边形、六边形的。团山主体笔立挺拔，长岭柱体呈扇形展布，犹如孔雀开屏。这些蔚为壮观的景象，可与英国已列为世界保护遗迹的“魔鬼堤”和美国已列为国家自然保护区的“魔鬼塔”相媲美。中国古代哲人孟子在二千年前曾有“吾登东山而小鲁，登泰山而小天下”的名言，作为他的后代，齐鲁儿女或许可以添上一句“登马山而奇造化”的感慨。马山这一自然遗迹不仅是宝贵的地质地貌景观，也是具有重要科学价值的研究对象。
本区列为第二的自然保护对象，是中生代地层中形体硕大、保存完好的硅化木群落。目前在马山已发现二十多株硅化木。其中较大且保存完整的有十多株，最大的树干长13m，横径0.8m，其年轮十分清晰。尽管国内有不少有关硅化木的报道，但在这样特殊的地质结构条件下，分布如此密集、保存如此完整的大型硅化木群尚不多见。此外，古脊椎动物化石在本区内也有零星发现。
在人文历史上，马山曾是庙宇鼎盛、香客云集的风水宝地。据清雍正年间(1734年)撰写的《马山志》记载，马山是著名的道教圣地。山上树木茂盛，寺宇宏阔，有玉皇殿、圣母殿、大士庵等15处殿堂，颇具规模。山凹处有一眼“丹泉井”，也称“济公井”，泉水清澈甘甜，“醒脾爽气，甲于诸水”，任凭大旱，泉水长年不涸，故有赞曰：“窟中疑滚千层浪，地底遥通一线天”。
马山的交通极为便利，离青岛机场、胶济铁路、济青高速公路和烟青一级公路均在15公里之内，离青岛和崂山风景区也只有40公里。
随着科学的昌盛和环境保护意识的增强，马山期待着中外地质学者、古生物学者、环境工作者携手开发，欲招商投资280万元建设地质科教中心，把马山真正建成集科研、教学、旅游为一体的“世界地质公园”，造福人类。
