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指南宫俗称仙公庙，建于清光绪16年（1890年），主祀吕洞宾，是台湾著名的道教胜地，庙宇建筑分正殿、凌霄宝殿、大雄宝殿及大成殿四部分。正殿即孚佑帝君大殿，是全庙最早建立的一座；往左经南天门牌楼可抵后方的凌霄宝殿，其建筑宏伟，雕绘精巧，气象万千；正殿右后方则为大雄宝殿，供奉泰国赠予的释迦牟佛像，该殿为金黄色圆顶建物，四周嵌坐数座佛像，是指南宫最雄伟的建筑；至于大成殿则位在最后方，殿内供奉孔子、孟子、曾子及尧舜禹三宫大帝，殿宇庄严肃穆，周遭环境雅洁静谧。
该庙缘于吕祖信仰，清光绪八年 (1882年)淡水县令王彬林赴台上任时，奉命恭迎山西芮县永乐宫吕祖神像至台祀奉，最初供奉于万华玉清斋，光绪十六年(1890年)在现址上专门修建了一座供奉吕祖的小庙，直到1921年才开始增建，修成今日之规模。1966年又扩建了六层高的凌霄宝殿，最上层凌云殿供奉玉皇大帝、三官大帝、吕祖、关帝、文昌等神；中层三清殿供奉元始天尊、灵宝天尊、道德天尊、东华帝君和瑶池金母；下层“梦告所”原为善男信女祈求吕祖托梦的地方，现为中华道教学院所用，从而吸引了大批信徒。指南官因供奉的神多，所以庆典也特别多，大型的有五次：一是农历的正月初一至初五，庆贺玉皇大帝诞辰节；二是农历的三月三十至四月初六，庆贺释迦牟尼圣诞节，并举行隆重的浴佛大典；三是农历的四月十二至十四庆祝吕祖圣诞，并举行道教信徒皈依大典；四是农历的五月初十至十八祝贺吕祖成道日，适时举行隆重的大法会；五是农历九月初一至初九，举行九皇礼斗法会，庆祝斗姆元君诞辰。如此众多的宗教活动和日常事务均由指南宫常设的管理委 员会来主持，从 1991年起管委会主任委员为高忠信。 指南宫位在政大后山约2公里的猴山岳上，海拔285公尺，是由政大往笔架山、政大山、猴山岳的必经之路。民间传说男女朋友不宜共游指南宫，否则会遭吕洞宾嫉妒而分离，为指南宫增添了不少神话色彩。
大雄宝殿又称佛祖殿，奉祀释迦牟尼佛、阿弥陀佛、药师佛与观音菩萨，佛教为主体。
指南宫后山的大成殿亦称孔庙，为原来之清心阁所改建，奉祀至圣先师。各殿的设计建筑，巍峨雄伟，壁画石刻，雕梁画楝，全是名家精心杰作，充分表现中国传统的建筑艺术风格。
此外，还有奉祀土地公的福德祠，祠前有依地理风水而建的七星池，沿着池旁的石阶往上走，可到指南宫回廊，饱览木栅观光茶园的景色。而遍植奇花异卉的指南宫观光乐园，豢养了各种珍禽异兽及天然鸟园，由于木栅动物园的开放，现不对外开放。
纯阳宝殿：为主殿，主祀吕仙祖。
凌霄宝殿：二层楼建筑，主祀元始天尊、玉皇大帝、王母娘娘与诸位帝君、星君。
大雄宝殿：为佛教道场，广场前门依仪规设有天王殿，即供有弥勒佛像与四大天王像。
大成殿：主祀孔子与七十二弟子。
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