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麦草沟保护区是一个四面环山只正西有一出口的沟谷，卞沟东西长13公里，支沟有数十条。山岭多在2000米以下，谷地约1500米以上，相对高差300—600米，坡度约35度左右，阳坡较缓，阴坡陡峻，主沟宽阔平坦，支沟呈V字形。气候年均温12℃左右，年阵水量为851毫米左右．相对湿度65%，无霜期180天左右。土壤为在花岗岩基岩发育的棕壤，缓坡有淋溶褐土。
保护区维管束植物有1300多种，其中乔木有100多种，灌木有200多种。区内山地植被类型主要为次生的落叶阔叶林，主要树种为锐齿栎、红桦、白桦、山杨、械、椴、华山松、油松等。一般在沟谷及山坡下部为揪树、漆树、檄树等树种组成的落叶阔叶林，而以锐齿据、辽东栎、栓皮栎、模子栋组成的栋类落叶阔叶林分布在各种坡向与坡位，也有小片山扬或白样林夹杂其间；但在沟脑海拔2000米以上的山地有一些红桦林分布。林下灌木、箭竹丛生。区内栎类落叶阔叶林面积占全区有林地70%以上，林木蓄积量占总蓄积的76%以上，其中近熟、成过熟林蓄积占总蓄积的69%。植物区系分区为Iell?。属国家保护植物有杜仲、厚朴等。药用植物丰富有党参、柴胡、大黄等。
保护区陆栖脊推动物有370多种。动物地理分区届IIB。属国家保护动物一级有云豹，二级有黑熊、麝、鬣羚、灰鹤、红脸角锥等。经济动物丰富，有野猪、鼬等。
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