墩头寺位于扬州蜀冈之东（在江都双沟）为山之头，故被称为墩头。元末明初，高僧印智法师云游至此，认为此地很有吉兆，便在此修心弘法，并携当地百姓兴建寺庙，陆续建起山门、天王殿、大雄宝殿、藏经楼、斋堂、客堂，一时盛况空前，香客如云。
清乾隆皇帝南巡时曾亲往察看，并欣然为寺庙题匾“墩头古寺”。同治、光绪年间相继修缮。抗战时期，寺内殿堂厢房等设施被毁。
改革开放后，党的宗教政策得到落实，在扬州、江都各级领导的关心支持下，2002年底，墩头古寺开始修复重建，先后兴建了山门、天王殿、三圣殿、地藏堂、观音殿、斋堂、僧舍等，再现墩头古寺的昔日辉煌。
