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额尔古纳湿地保护区是国家级湿地自然保护区。位于内蒙古自治区额尔古纳市黑山头镇北侧,莫尔道嘎林业局境内。由额尔古纳市林业局管理。额尔古纳湿地省级自然保护区成立于2003年,2006年晋升为国家级自然保护区。保护对象为为草原、草甸湿地生态系统及野生动植物。保护区总面积1245.27平方千米,其中核心区面积741.83平方千米,缓冲区面积297.74平方千米,实验区面积205.70平方千米。属大陆性寒温带半干旱季风气候,年均气温﹣3℃,1月均气温﹣28℃,7月均气温20℃。年均降水量400毫米,无霜期85天。
保护区湿地地处额尔古纳河流域,大兴安岭西北麓,呼伦贝尔草原东北端。又名黑山头湿地,面积0.126平方千米,沿额尔古纳河呈带状分布,河漫滩、沼泽发育。湿地水源来自额尔古纳河及根河、得尔布干河、哈乌尔河3条支流。保护区土壤类型主要有黄壤、黄棕壤、栗钙土、沼泽土、水稻土等,以栗钙土、沼泽土为主。
保护区共有植物858种,其中国家重点保护植物有3种,包括大花杓兰、钻天柳、浮叶慈菇;自治区重点保护植物有11种。兴安落叶松为保护区山地针叶林的优势群种,此外还有兴安落叶松、白桦、樟子松、山杨等树种。保护区动物地理区系属于古北界、东北区、大兴安岭亚区,共有野生脊椎动物329种,国家Ⅰ级重点保护动物共有11种,其中兽类有紫貂、原麝、貂熊3种,鸟类有黑鹳、金雕、白尾海雕、玉带海雕、黑嘴松鸡、白头鹤、丹顶鹤、白鹤8种;国家Ⅱ级重点保护动物有41种,其中兽类有6种,鸟类有35种。保护区为全球鸟类东亚-澳大利亚迁徙路线的必经之地,每年迁徙停留、栖息繁殖的鸟类达2000万只。为丹顶鹤、鸿雁等珍稀鸟类的栖息地及繁殖地之一,丹顶鹤种群数量约45对,鸿雁种群数量约2000只。