呼伦湖的自净能力与其所处的特殊地理位置有关,首先湖的面积大,与多条草原河流沟通;其次由于地处高纬地区,气温低,对湖体浮游生物有一定的抑制作用;值得一提的是湖体构造特殊,露出30余个泉点,有大量地下水的补给。因此,呼伦湖在维持生物多样性和丰富的生物资源方面发挥着巨大作用,在区域环境保护中具有特殊的地位。
此外,以呼伦湖为主体的三湖(呼伦湖、贝尔湖、乌兰诺尔湖)和三河(克鲁伦河、乌尔逊河、达兰鄂罗木河)成为供鱼类栖息、繁衍的天然有机水系,形成了一个渔业生产的整体。乌尔逊河中游的乌兰泡水生植物极其丰富,成为鲤鱼、鲫鱼的主要产卵地。