泉州海外交通史博物馆，是位于泉州市区东门外的新馆。这是1990年为迎接联合国科教文“海上丝绸之路”考察团的到来而建的。它占地3.5万多平方米，设有“泉州与古代海外交通”、“泉州宗教石刻”、“泉州外销瓷”、“中国民俗文化”等陈列馆，陈列面积4000多平方米。
泉州海外交通史博物馆的建筑，采用古代海上帆船的造型———船高二层，船桅高七层，犹如一艘正要扬帆远航的巨船，奇特、新颖，别具特色。馆名系郭沫若的手笔。
在一楼西侧的泉州与古代海外交通陈列馆，我们可以看到五代的陀罗尼古经幢、宋代石碇、元代铜钱、明清西班牙银币等珍贵文物。大量的实物、照片、模型、图片资料，反映了泉州海外交通发展演变过程。泉州宗教石刻陈列馆在一楼的东侧。该馆陈列从宋至清代伊斯兰教、印度教、摩尼教、基督教等多种宗教文化瑰宝。多方保存完好的阿拉伯碑铭、基督教“刺桐十字架”石刻、印度教神祗毗湿奴、湿婆、克里希浮雕等石刻，充分体现了中世纪泉州对外文化交流的繁荣和发展。1992年2月联合国科教文“海上丝绸之路”考察团参观了陈列馆，见到如此丰富的不同宗教互相融合的石刻，大为震惊和兴奋，认为是此行的最大收获，深感其昭示了世界人类和平共存的意义。
二楼东侧的泉州外销瓷陈列馆，陈列了多种唐、宋、元、明、清各个时期的外销瓷器，展示从新石器时期到明清时代泉州陶瓷工业的发达和对外贸易的盛况。二楼西侧的中国古代船模陈列馆，陈列有我国原始社会最早出现的筏和独木舟，以及60多艘历代航行于内河和海洋的古船。其中，郑成功收复
台湾的战船和郑和下西洋的战船尤为引人注目。中国古代船模陈列馆的左边为中国民俗文化陈列馆。馆内的展品记录了不同时代泉州人民的生活和生产方式，我们可以领略他们的文明和智慧。
据悉，泉州海外交通史博物馆主体馆的东侧，将建起建筑面积8000平方米、4层高的伊斯兰文化陈列馆。这座陈列馆由著名建筑学家、中国建筑史学会会长杨鸿勋研究员设计，以阿拉伯建筑形式为基调，突出表现伊斯兰教的建筑风格。将主要展示“海上丝绸之路”时代泉州与东南亚、中南半岛、阿拉伯地区伊斯兰教国家的友好交往史，展示数百方馆藏的伊斯兰珍贵石刻和其他文物等。
