南京地铁一号线自奥体中心向东途径小行拐向北，经新街口至终点迈皋桥站，线路全长21.72公里，其中地下线14.33公里，地面及高架线7.39公里。全线共设车站16座，分别为奥体中心站、博览中心•元通站、明基医院•中胜路站，小行站、时光澔运•安德门站、中华门站、工商银行•三山街站、张府园站、德基广场•新街口站、珠江路站、农业银行•鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站，红山动物园站、高力家具港•迈皋桥站。其中地下车站11座，地面及高架车站5座。
南京地铁二号线按建设启动时间分为一期工程和东延工程两段。二号线一期起于河西新区的油坊桥，止于紫金山麓的马群，线路贯穿南京主城区的东西向中轴线，连接河西新城区和城东地区，与地铁一号线分别在新街口和元通换乘。线路全长25.27公里，共设车站19座，分别为油坊桥站、雨润大街站、博览中心•元通站、奥体东站、永隆家居•兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、省中医院•上海路站、德基广场•新街口站、宝庆银楼•大行宫站、军区总院•西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站。其中地下站18座，高架站1座，车辆采用A型车6辆编组，在油坊桥和马群分别设停车场和车辆段一处，控制中心设在珠江路。二号线东延段从马群站向东延伸至仙林新市区，东延段全长12.68公里，共设车站7座（不含马群站），分别为紫东创意园•金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、中医药大学•羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站，均为高架和地面车站，与二号线一期贯通运营。
南京地铁一号线南延工程由一号线安德门站向南延伸至东山新市区，经过建设中的京沪高速铁路南京站，穿越雨花台区和江宁区，止于中国药科大学站，车辆段设在江宁大学城内。线路全长25.08km，共设车站15座（不含安德门站），分别为天隆寺站、软件大道站、花神庙站、高铁南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、1912•百家湖站、台湾广场•小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、江苏海院•南京交院站、中国药科大学站。其中地下车站8座，高架车站7座。南延工程采用与一号线相同的A型车6辆编组，在既有一号线的基础上在城东路新建停车场一座，在小龙湾新建主变电站一座，控制中心设在珠江路控制中心大楼内。
