怒江州属泛北极植物区系和古热带植物区系的交汇地带，中国喜马拉雅山植物亚区。高山大江南北纵横的地表有利于古热带植物区系与泛北极植物区系成分交汇过渡，峡谷地貌成了许多植物在更新世冰期时的避难所，保存了生物演替系列上的许多古老珍稀植物种群和许多特有的植物群落，孕育出许多特殊植物种类，所以，州内植物成分新老兼备，南北混杂，丰富多彩。容纳了寒温性、温性、暖热性等植物类型，成为地域性植物类型组合最为丰富的地区，其植物带谱成为我国从南到北的缩影。怒江州被誉为“植物王国上的明珠”、“天然的植物基因库”，长期以来为国内和世界各种植物学科学研究者所瞩目。怒江州植物种类繁多，现已知的高等植物就有200多个科，680余属，3000多种。仅国家级高黎贡山自然保护区泸水县境内就有高等植物136个科，1569科，其中裸子植物4种，占世界裸子植物科的三分之一。1992年5月，中国科学院昆明植物研究所李恒教授编著出版的《独龙江地区植物》一书，总结了我国1937年以来的历次调查记录和植物标本，系统地介绍了独龙江地区已知的植物199科2278种，其中蕨类植物41科275种，种子植物158科682属，2003种。
怒江州中药材种类繁多，2000多种药材分布在1230万亩范围内，所以自古就有“一屁股坐倒三棵药”的俗话。在国家要求查明的395种药材品种中，怒江境内就有356种。其中，植物药材314种，动物药材39种，矿物药材3种。怒江州的药材还有蕴藏量大的特点，全国药材资源76个重点保护品种，怒江州有51种。
怒江州因其特殊的自然环境而成了各种动物自由生长繁衍的乐园，动物资源丰富而种类繁多。据考察和文献资料记载统计，现有动物资源505种。其中兽类128种，隶属9目27科，重点保护的27种，主要有野牛、野驴、羚羊、小熊猫、小灵猫、孟加拉虎、龟纹豹、金钱豹、黑熊、旱獭、金白眉臂猿、穿山甲、戴帽叶猴、赤斑羚（俗称红岩羊）、熊猴、滇金丝猴、蜂猴、印支虎、黑麝、菲氏鹿等。鸟类284种，分隶138属，41种，属重点保护的有13种，中日保护候鸟32种，世界濒危的8种，主要有绿孔雀、黑鹇、白尾梢虹雉、灰腹角雉、血雉、白腹锦鸡、绿头鸭、松雀鹰、灰鹤、白腰草鹬、丘鹬、火尾鸡、太阳鸟等。
怒江州位于著名的“三江”成矿带上，矿产资源十分丰富，是云南有色金属王国的重要组成部分。已探明有一定储量和开采价值的矿床矿点有220个，其中金属矿163个，非金属矿57个。主要金属矿有铅、锌、银、钼、铁、锡、钨、金、锶、铍、汞、铜、钻、镉、铂、锑等；非金属矿有盐、煤、云母、水晶、绿柱石、玉石、大理石、花岗岩、石膏石、萤石、碧金、石棉等。其中兰坪铅锌矿储量达1470万个金属吨，居世界第二，中国第一。兰坪是名副其实的“中国锌都”。
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