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青礁慈济祖宫，又称东宫，由一系列造型庄严雄伟、金碧辉煌、飞檐交错的宫殿群落组成。主殿由数十根巨大的石柱支撑，其中有十二根盘龙大石柱，在福建省的古宫殿石雕中极为罕见。其中二根花瓶形柱，二十多根八角形对联大石柱，雕刻着东宫史实和吴真人伟绩。祖宫内处处可见工艺精美、瑰丽多姿的石雕、木刻、彩画等艺术精品，充分展示了古代工匠非凡的艺术成就和民间信众对保生大帝的高度敬仰。主殿左侧为文昌庙，右侧为武圣庙，建于2001年。
该宫始建于南宋绍兴二十一年（1151），奉祀北宋著名的民间医生吴夲（音tāo ）。吴夲（979～1036），字华基，号云冲，出身于福建龙海市白礁村的贫苦农民家庭，年轻时云游四方，拜师学医并选定青礁村作为其修道、炼丹、行医之处。吴夲不仅医术高明，且医德高尚，治病不分贵贱，不取报酬。宋明道二年（1033）漳州、泉州瘟疫流行，因吴夲义诊施药而得以存活者难以计数。民间还流传吴夲治愈宋仁宗母后的乳癌，被封为“妙道真人”而扬名四海的事迹。景祐三年（1036）五月初二，吴夲在文圃山采药不幸坠崖而死，时年58岁。
吴夲逝世的第二年，即宋仁宗景祐四年（1037年），白礁村的父老乡亲为纪念这位救死扶伤的名医，自发筹款在家乡建“龙湫庵”，庵内雕塑吴真人形象，虔诚供奉。宋绍兴二十年（1150年）宋高宗颁诏动支银库、遣使监工，把龙湫庵改建为一座宫殿式的庙宇，赐名“慈济庙”。宋绍兴二十一年（1151年），后因进香人数众多，又在吴夲炼丹处另建青礁慈济庙，由此形成东西两庙。淳祐元年（1241），奉敕改庙为宫，白礁慈济宫称西宫，青礁慈济宫，也则称东宫，为彰示吴夲的德行，自宋代以来，历朝皇帝先后予以追赐封号之殊荣，其中尤以北宋仁宗追封的“妙道真人”和明成祖追封的“保生大帝”最为著名，吴夲亦因此被民间称为“吴真人”、“保生大帝”或“大道公”，成为备受后人敬仰的医神和乡土保护神。
明末清初，白礁300多人随着郑成功收复台湾，对吴真人的信仰也随之广泛传入台湾和东南亚地区。至今，仅台湾就有数以百计的吴真人宫庙，还成立了“台湾保生大帝庙宇联谊会”，这些经由大陆传炉的宫庙都遥奉龙海的白礁慈济宫和青礁慈济宫和为祖庙，每年组织大规模进香团前来举办瞻仰法会。
现存青礁慈济宫重建于清初，系重檐歇山顶砖石木结构三进建筑，坐西朝东，建筑面积1305平方米。中轴线自东向西逐渐增高，前殿重楼，由檐廊、门厅和钟鼓楼组成；中殿为正殿，内供吴真人神像，殿前有拜亭。后殿重建于1989年，内供佛道诸神。三殿由两侧廊庑通连。宫内保存大量珍贵的石雕、木雕、彩绘艺术品，体现了闽南匠师精湛的工艺水平。
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