接着在泰山拓建岱庙，大建碧霞祠，泰山上下宫观林立，在《云笈七签》道书中，把泰山说成是神仙所居的仙境，名蓬元之天，被列为道教的36小洞天之一，泰山俨然成为神山一座。加上历代修葺拓建，至今保留完好的道教宫观尚有20余处，建置于泰山风景区，留下了琳琅满目的名胜古迹，与泰山大自然美景相映成辉。

       金朝统治时期，北方人民在阶级、民族压迫面前，只有两种选择，一是拿起武器进行斗争，二是默默忍受压迫，接受精神鸦片的麻醉。当时流行的佛道当中，佛教经典玄奥，又有剃发等仪式，道教只用一身黄冠道袍，又可逃避“左衽”、“髡发”等有损民族尊严的污辱，于是道教成为一些知识分子选择的对象。

       在上述背景下，金大定七年（1167），山东人王重阳创全真教派，接受北宋来三教调和思想，教人读《老子》、《孝经》、《心经》，王重阳说：“儒门释道道相同，三教从来一祖风。”“释道从来是一家，两般形貌理无差。”全真教不相信白日飞升，不搞丹鼎符箓。在修炼方法上，主张正心诚意，少思寡欲，这完全是儒家提倡的伦理道德修养。当然受到封建统治阶级的欢迎。

       王重阳的弟子“长春真人”邱处机，一生致力于宣传全真教教义，青年时期漫游名山道观，道成之后更是留迹天下。 邱处机也曾布道泰山，据《岱史》、《泰山小史》记载：邱处机在泰山时曾修炼于岱阴金丝洞。

       金大定二十八年（1188）二月，金世宗召邱处机进京，直到这年八月，才打发他离京。1222年，西征途中的成吉思汗，在阿姆河畔的行营中，会见了不远万里而来的邱处机，对其“敬天爱民以治国，慈俭清静以修身”的治国修之这道深表赞赏，封他为国师，掌天下道教，管理“天下应有底出家人”。

       据《岱史》载：泰山长春观内有神仙、牒碑,刻的是成吉思汗的敕旨，碑文今俱亡佚。邱处机的弟子，“女冠訾守慎嗣法于燕京长春国师（邱处机）”，后住持泰山长春观，元帝赐庙号为“妙真观”。王重阳的另一弟子孙仙姑，法名不二，据传也修炼于泰山鹰愁涧的清静石屋，至元六年（1269），赐“清静渊真顺德夫人”，为全真教清静派的创立者。

       全真教由于受到金、元统治者的支持而盛极一时，出现了“东至海，南薄淮汉，西北历广漠，虽十室之邑，必有香火一席之奉”的空前局面（陈垣《南宋初河北新道教考》）。南方的天师道为与全真相抗衡，遂与上清、灵皇、净明等符箓派合流，道教正式分为全真、正一两大宗派，都以“三清”为至尊天神，但教规不同，前者道士必须出家，为清修派；后者道士不娶妻室，为符箓派。全真教在泰山一带有很大的势力，金大定十二年（1172），邱处机的大弟子李志常的徒弟曹志冲，在阴岱娄敬洞这片山林，开荒建庙，他与曹致宁经营30多年，建成洞虚观。他们在此招徒传教，过着自食其力的生活。全真教刘长生的弟子王志深，也于金末在岱阴的五峰山重修洞真观。全真教在泰山的影响历久不衰。据1936年泰安地区东平县的统计，全县129名道士全属全真教，其中全真邱祖龙门派70人，全真马祖遇山派18人，全真郝祖华门派14人，全真刘祖随山派27人。

       全真教追求“全性保真”，以“柔弱”和“清贫”相联系作为内修的先决条件，全真教特别是在它的初创时期，把现实生活中的苦难嫁接到宗教中去，不少道士的苦行达到令人不堪的程度，邱处机“乞食度日，行携一蓑，”甚至“夜不寐者六年”。元代著名道士张三丰，据记载也曾修炼于泰山明月嶂北岩洞，他“寒暑只一衲一蓑”，“或数日一食，或数月不食”。嘉靖年间东平道士王三阳，归隐岱阳凌汉峰侧，“凿石为穴，苦行修道”。直到民国年间，有的道家仍深居泰山洞穴或危崖茅蓬，处处留其踪迹。这种苦行，正如马克思在《 黑格尔法哲学批判 》导言中指出的那样：“宗教里的苦难既是现实的苦难的表现, 又是对这种现实的苦难的抗议。”值得一提的是，道教是一种富于入世的宗教，但全真道教对人生持完全否定的态度，这与道教原始的教义很不相同，与印度佛教以涅槃寂灭为最高境界，超脱短暂污浊的人生，到达那永恒洁净的天国的观点同归殊途。这也从一个侧面反映佛道的融合。

       利用宗教是封建统治者一贯的段手段，兴道抑佛或兴佛抑道，不过是根据当时政治、经济的需要，所采取的权宜措施，在元代虽然有的帝王扶植道教，但三教之间，特别是佛道之间的斗争依然存在。当时道教管理“天下应有底出家人”，于是“毁夫子庙，毁佛像；占梵刹四百八十二所”。邱处机去世后，道教两次遭到焚经的打击，第二次在至元十八年（ 1281 ），元世祖颁旨焚毁《 道德经 》外的其余《道藏》经文印板，这次事件也影响了泰山，泰安冥福寺旧有圣旨焚毁诸路道藏经文之碑。现存明《正统道藏》中《道藏阙经目录》所著录道书，大多是遭元两次焚道经而致亡阙的。总的说来，元代统治者尊崇喇嘛教，但是对包括道教在内的其它宗教，采取兼容并蓄的政策，泰山东岳庙旧有1324年元泰定帝的圣旨碑，碑文指出“泰安州有的泰山东岳庙住持提点通义宋正渊靖大师张德先生（道士），每根底，执把行的圣旨与了也。这里每庙宇房院里，使臣休安下者。铺马祗应休拿者，商税地税休与者。但属他们的水土、园林、碾磨、铺席，不拣其甚么他每的。休倚气力夺要者。每年烧香的上头得来的香钱物件，只教先生每收掌者。庙宇损坏了呵，修理整治者。这里每其间里,不拣是谁,休入来沮坏者。”这是一段很有价值的原始史料，反映泰山宫观不仅占有土地、园林山场、河泊，还有各种店铺、油坊、磨坊，还有香客供献给神祇的香钱物件，对于这些经济利益，朝廷还用圣旨、法律来加以保护。

元代泰山道教基本上是全真教的一统天下，主要宫观全由全真道住持，出现了不少颇有影响的人物。

元代泰山著名道士张志纯，号“天倪子”，泰安上保（今肥城）人，全真教随山派刘长生的弟子,道名“志伟”，元惠宗为其更名为“志纯”，赐号“崇真保德大师”，受于紫服。张志纯任泰山东岳庙住持，东平路道教都提点。他创议重修蒿里山神祠。泰山和泰山西南的蒿里山，自古相传是治鬼之所。东汉尔后，一些佛教僧侣在译经过程中，为了和汉代兴起的“泰山治鬼”说相适应，把“地狱”译成“泰山”。例如，三国时康僧会所译《六度集经》中就有“命终灵魂入泰山地狱 ”、“死入泰山，泰山之鬼，拔出其舌，著於热沙，以牛耕之,又以热钉其五体,求死不得，殊恶如此。”“泰山治鬼”说也为道教承袭，于是泰山神成为了道教主管鬼魂的神，但当时还无所谓地狱。五道轮回原本是佛教的思想，天堂、地狱是五道轮回中的两道，不少佛教书籍对所谓地狱的酷刑作过绘声绘色的描写，对社会产生了广泛深刻的影响。道教又效法佛教，把这套理论引进道书中。泰山蒿里山也建有神祠，祠内设森罗大殿。75司及三曹对案之神像，营造出令人毛骨悚然的妖魔鬼域，“望之者，入者则肃然，近则威然，出则怖然。”（《重修蒿里山记》碑）。该祠创建无考，但自唐至宋，香火不绝，金季毁于战火，张志纯倡议重修，但生前未完成，嗣后，玄门掌教宗师管领诸路道教、洞明真人郝志诚继续修葺。泰山诸祠宇，如玉女祠、会真宫、玉帝殿、圣祖殿、岱岳观、朝元观、东岳庙，也都在张志纯主持下，相继得到增修。泰山南天门原无室宇，张志纯“为之经构，累岁乃成。”南天门建筑颇具匠心，人工借自然之势，自然借人工之力，是自然景观与人文景观相结合的典范。