妈祖神和玛祖婆其实是有区别的，妈祖神是汉族同胞敬奉的女神，玛祖婆则是高山族同胞神话故事中的女神。　　

妈祖神是人们为了纪念林默娘而塑造出来的。林默娘是福建莆田县湄洲屿红螺乡“林善人”林愿的女儿，生于公元960年（宋太祖建隆元年），农历三月二十三日，排行第七，有一个哥哥和五个姐姐。她出生都满月了却从未哭过，因此，取名默娘。默娘从小长在海边，很快学会了游泳。十几岁就时常跟父亲和哥哥出海。有一次在海上遇到了大台风，船翻了，默娘奋不顾身救起了父亲，找回了哥哥的尸体。此事发生在一个弱女子身上自然引起了大家的关注。后来，默娘经常在海上帮助那些遇难的渔民，尤其在夹门乡为渔民们办了很多好事。可是林默娘28岁的时候，竟身染重病去世了。人们为了纪念这位好心的姑娘，特地在湄洲屿建了祀庙，称“通贤灵女庙”，以后受封为顺济神。随着沿海人民对澎湖的开发，渔民们也在澎湖为林默娘立像建庙恭祀，称她为“天妃”或“圣妃”，也称“妈祖”。　　

郑成功收复台湾后，妈祖神被奉进台湾本岛，在台湾各地建庙祭祀，人们都尊之为“圣母”。1683年，清廷派靖海将军施琅率军东渡夺取台湾的郑氏集团的政权。大军先到澎湖，一大部分驻扎在澎湖天后宫里。这时正值夏季，很多天不下雨了，饮用水很少，军队行动很困难，施琅为此大伤脑筋。一个早晨，人们发现天后宫井里突然出水，并且取之不尽用之不竭，人们说这是妈祖神显灵的结果。施琅以澎湖为跳板，收复了台湾。为了感激妈祖神的帮助，施琅奏请皇帝加封妈祖为“天后”，全称是“护国庇民妙灵昭应宏仁普济天后”，列入春秋祀典。清廷还赐给莆田湄洲屿、台湾的台南以及厦门等地的妈祖庙“神昭海表”和“锡福安澜”的匾额，并追封其父为“积庆公”，其母为“积庆夫人”。从此后人们对妈祖的祭祀更加隆重。妈祖是一般的称呼，湄洲人多亲切地称为“姑婆”或“妈祖婆”，在台湾则有称为“天上圣母”的叫法。　　

马祖婆或玛祖婆是在高山族同胞中传说的女神，由民间传说而来。　

据说，玉皇大帝的宫殿门口有一株高达千丈的黄金树，这树生长三千年才开三朵花，经过了三千年，这三朵鲜艳的花朵变成了三个美丽无比的姐妹。也就是玉皇大帝的三个女儿，大姐就是后来的王母娘娘，二姐后来成了玛祖婆，三妹就是后来的观音娘娘。有一天，她们拨开云雾向下界观望，见大地上景色迷人，就起了思凡之心，她们想为人间做点好事。于是，三人偷偷离开天宫。大姐选定了昆仑山上的瑶池，二姐看中了台湾岛上的玉山，三姐选中了海南岛上的五指山。二姐来到台湾，看到山高路险，没有马匹，运输十分四难。她听说大姐在瑶池用黄泥和琼浆做马，便到瑶池向大姐要了一布袋小泥马回来。回台途中，在福建沿海一个不知名的小岛上遗落了一只小泥马，后来就变成了一匹龙腾虎跃的大马。人们为了感激二姐的恩德，就把那个小岛叫做马祖岛。二姐把带回的小泥马丢到台湾岛山地，也变成了一匹匹高头大马。岛上的人们就在各地造起了一座座寺庙，奉祀二姐，取名为马（玛）祖庙。